La prima stagione ruota inoltre attorno le misteriose origini aliene di Clark e sulla scoperta che il suo arrivo sulla Terra provocò incidentalmente la morte dei genitori di Lana. Dalla seconda stagione si affrontano piccoli archi narrativi che si concentrano su Clark e sugli altri singoli personaggi.
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La scoperta della dinastia kryptoniana di Clark; l'introduzione di Jor-El e la Fortezza della solitudine; la comparsa della cugina di Chloe, Lois Lane; la lotta di Clark contro Brainiac, un androide alieno che tenta di liberare il terribile Generale Zod dalla Zona fantasma insieme ad altri prigionieri che Clark dovrà catturare o eliminare; l'arrivo della cugina biologica di Clark, Kara; e Lex che infine scopre il segreto di Clark. Viene poi introdotto il personaggio di Davis Bloome, ovvero Doomsday, e una donna chiamata Tess Mercer. Segue la comparsa del maggiore Zod, clone del generale Zod, a capo di un'armata di kandoriani, i quali cercano di ottenere i loro poteri che dovrebbero avere normalmente sulla terra.
